Чрезвычайно большую роль в русской истории XVI в. сыграл Серпухов с прилегающими к нему монастырями в качестве важнейшего стратегического центра. С возникновением и укреплением полковой "береговой" службы старинный русский город, вместе с другими городами по Оке, стал опорным пунктом в борьбе с нашествиями крымцев.
На протяжении многих лет главные силы русской армии занимали оборону к югу от столицы по берегам Оки. Под его стенами или в его окрестностях развертывались решающие события - смотры русских войск, сражения с захватчиками. В 1535 году Крымские татары приходили на рязанские земли и "у реки Оки у берега были", повествуют летописи.
Особенное значение, как для города Серпухова так и для Высоцкого монастыря, должен был иметь 1556 год, когда царь Иоанн Грозный, готовясь к походу, 31 мая прибыл в Серпухов, который был назначен сборным пунктом для войск. В этом году произошло и укрепление города белокаменной стеной с башнями, фрагменты которой сохранились до нашего времени. Следующее тревожное ожидание "на берегу" появления Крымских татар происходило все лето 1570 года. Иоанн проживал тогда с опричиной в Александровской слободе, откуда два раза приезжал в Серпухов "на берег". Это не осталось без влияния на судьбу монастыря, так как в этом году царь дает архимандриту высоцкому Агапиту с братией льготную грамоту на то, чтобы не взимались пищальные деньги с лавок крестьян Высоцкого монастыря. Весной 1571 года хан Девлет-Гирей, обойдя другим путем русские войска, воеводы которых не успели занять на тот раз выгодные позиции "на берегу", приближался к Серпухову, где находился Иоанн с опричиной.
Царь бежал в Коломну, а затем через Слободу в Ростов, а неприятель, подступив к Москве, переполненной искавшим в ней убежища народом, зажег предместья, и тогда почти весь город вплоть до Кремля в несколько часов был превращен в пепел . Свыше 150 тысяч граждан и воинов погибли в пламени.
В этот злополучный год претерпел великие бедствия и Высоцкий монастырь. В следующем 1572 году он получил льготную грамоту, по которой освобождался от уплаты дани на пять лет. Из этой грамоты узнаем, что большая часть строений и церквей в монастырских селах и деревнях была тогда выжжена неприятелем Опустошения, которые он после себя оставил, были ужасны Перечень в вышеуказанной грамоте сожженных церквей и дворов свидетельствует, насколько разоренная татарами обитель нуждалась тогда в попечении и помощи царя, а также и о том, как обширны были ее владения.
Неприятель выжег большую часть строений и келий внутри монастырской ограды, но нужно полагать, что все каменные церкви уцелели, хотя были, вероятно, разграблены. Монастырь окружала в то время деревянная тыновая ограда, так как каменная, существующая и поныне, была устроена позже, в XVII в.
В вышеупомянутой льготной грамоте 1572 года упоминается, что нашествие в 1571 году татар было при "бывшем архимандрите Агапите" судьба которого остается неизвестной .
В Вкладную книгу занесен был первый вклад городского приказчика Михаила Патрикеева, пожертвовавшего в уцелевшую от пожара церковь монастырского села Бутурлине образ cв. Николая Чудотворца и два колокола. С этим временем часто совпадали приезды "на берег " государей или их приближенных и вместе с тем происходило возобновление и устройство монастырских церквей. С 1571 года сторожевая служба на Оке не прекращалась еще долгое время, так как хан совершал затем неоднократно походы в наши владения.
В 1572 году, он возобновил наступление, но успешные действия русских войск помешали его успеху: "на берегу" около Серпухова стояли войска под начальством князя Воротынского, а в следующем 1573 году его же, но с боярином Морозовым . В том же году был казнен, невинно оговоренный, доблестный воевода князь Воротынский.
Фамилия князей Воротынских встречается и впоследствии среди вкладчиков Высоцкого монастыря. В 1574 году был последний приезд Иоанна Грозного в Серпухов.
В 1534 году по его кончине и воцарении царя Феодора Иоанновича, новый царь пожаловал монастырю льготную подтвердительную грамоту за подписью дьяка Андрея Арцибашева.
