Здание представляло собой большую одностолпную палату, к которой с севера примыкали служебные помещения, а с востока - безапсидный храм с шатровым завершением. С Зачатьевским собором трапезную соединяла тогда же выстроенная галерея. В таком виде храм просуществовал около столетия.

В конце XVII века Покровский храм вновь подвергся коренной перестройке. В это время Высоцкий монастырь пользовался особым покровительством Нарышкиных, из рода которых происходила царица Наталья Кирилловна, вторая супруга царя Алексея Михайловича, мать императора Петра Великого. Это ктиторство не было случайным - по соседству с монастырем Нарышкины имели большие владения. В 1697 году от Нарышкиных в их излюбленный монастырь поступили значительные вклады на строительство и украшение храмов. Ктиторами этого, третьего по счету каменного Покровского храма были идругие знатные лица - такие как, например, царский спальник князь Федор Васильевич Засекин.

В облике этого храма отразились характерные черты архитектурного стиля московского барокко. Высокий четверик храма увенчивался рядом декоративных кокошников и одной главой на граненом барабане. Окна были обрамлены наличниками с килевидными завершениями. Барабан главы и фасады церкви украшались полихромными изразцами. Среди них выделялись изразцы с изображением Российского государственного герба - двуглавыми орлами. Они напоминали о том, что с южной стороны Покровского храма располагались палаты, в которых останавливались великиекнязья и цари. В начале XIX столетия Покровский храм приобрел черты классицизма - фронтоны и купол, поглотив "нарышкинское" барокко. В 1872 году храм был расширен за счет пристройки с северной стороны придела во имя Похвалы Пресвятой Богородицы, существовавшего ранее при монастырской больнице, здание которой было разобрано. В 1902 году была осуществлена реставрация храма на средства казначея Свято- Троицкой Сергиевой Лавры архимандрита Никона (Рождественского), с 1904 по 1906 годы епископа Серпуховского, впоследствии архиепископа Вологодского.

В 1931 году Высоцкий монастырь закрыли. Покровский храм многие десятилетия использовался под коммунальное жилье и производственно-хозяйственные нужды. Ко времени передачи монастыря Православной Церкви Покровский храм пришел в аварийное состояние. Купол был снесен, западная часть храма сгорела, в стенах зияли огромные пробоины, крыша едва прикрывалась листами ветхого железа, штукатурка снаружи и внутри осыпалась, пол был выломан, в стенах виднелись многочисленные трещины. С 1992 года была начата кропотливая работа по восстановлению храма. 9 июля 1993 года было совершено освящение придела в честь Похвалы Пресвятой Богородицы, а 8 сентября 1994 г. престола в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Поскольку в Зачатьевском соборе службы проходят лишь в летнее время, то в Покровском храме ныне совершаются все уставные монастырские богослужения.