По свидетельству современников, к началу XX века Высоцкий монастырь представлял собой одну из самых благоустроеннейших обителей нашего Отечества. Великолепные храмы, богатейшая ризница, уникальная библиотека, благоухающий сад.

Монастырь имел во владении более 180 гектаров земли с постройками, покосами и лесом. Щедрые пожертвования, а также существенные государственные субсидии давали возможность содержать храмы и хозяйство в образцовом состоянии, иметь на своем попечении церковно-приходскую школу и вести обширную благотворительную деятельность. С наступлением в России эпохи новой богоборческой власти в истории Высоцкого монастыря открылась одна из самых трагических страниц.

8 ноября 1918 года в древнюю русскую обитель вошла 4 рота 5-го Земгальского Латышского стрелкового полка, прибывшего в Серпухов для несения охраны Полевого штаба Республики и лично Главкома И.И. Вацетиса. В эту ночь в монастырских стенах запылал костер, сложенный на древней храмовой иконе.

Латышские стрелки бдительно несли службу. По малейшему подозрению в дезертирстве или нарушении военно-революционного порядка к населению применялись самые жесткие меры. Задержанных выводили из города к стенам Высоцкого монастыря и расстреливали на берегу пруда как врагов революции, предварительно заставляя рыть для себя могилы. Часто тела расстрелянных каратели сбрасывали прямо в монастырский пруд.

В конце июля 1919 года Полевой штаб Республики выехал из Серпухова, вместе с ним ушли из города и латышские стрелки. Но ненадолго воцарился покой вобители на Высоком.

В ноябре 1919 года Серпуховский уездный Ревком принял постановление о передаче части монастыря под губернский концентрационный лагерь. По свидетельству очевидцев, расстрелы продолжались уже в Тайницкой башне.

В эти годы Высоцкая обитель становится как бы зримой линией фронта беспощадной войны темных сатанинских сил против русского православного мироустройства. Но управляемая Божественною благодатью, братия монастыря во главе с настоятелем отцом Пантелеимоном неотступно продолжала свои молитвенные труды, твердо сохраняя традиционный монашеский уклад жизни, ежедневный церковно-служебный строй. И как награда за многолетнее терпение стало для братии и прихожан посещение обители Святейшим Патриархом Тихоном летом 1924 года.

В тяжелый период раскола Русской Православной Церкви, когда в Серпуховское благочиние проникло обновленчество, а затем и иосифлянство, монастырь до последнего дня оставался надежным оплотом канонического православия.

В 1919 году власти закрыли соседний Владычный женский монастырь. Престарелые монахини были переведены в Высоцкий монастырь, где были размещены в настоятельском корпусе и в подсобных помещениях. Настоятель обители отец Пантелеимон переселился в ризницу Покровской церкви. В 1928 году власти закрыли Высоцкий монастырь. Братии монастыря было предложено покинуть обитель.

До 1931 года, пока не арестовали архимандрита Пантелеимона, в Покровском храме совершались богослужения, за которыми пели монахини. После ареста настоятеля монахини разошлись кто куда, а часть из них была выслана. Храмы и строения монастыря богоборческие власти стали использовать под различные хозяйственные нужды.

В 1941-42 годах в монастыре размещался 157-й Отдельный батальон аэродромного обслуживания. По воспоминаниям ветерана Великой Отечественной войны Николая Архиповича Белого, в 1942 году, во время массированных налетов немецкой авиации, на монастырь было сброшено много бомб, одна из которых (весом около 250 кг) попала в центральный купол Зачатьевского собора и зависла. Николай Архипович был в числе солдат, снимавших бомбу. Он рассказывал, что не только эта, но и ни одна из многочисленных бомб в стенах обители не взорвалась. Лишь единственным попаданием была уничтожена Тайницкая башня, та самая, где когда-то велись расстрелы.

После войны в разные периоды в монастыре размещались конторы, организации и учреждения, склады, гаражи, коммунальные квартиры, загоны для домашнего скота. Монастырский архитектурный комплекс постепенно разрушался. К середине 1960-х гг. три башни и большая часть стен исчезли. Характерна участь Покровского храма. Западная часть его сгорела, купол был снесен, пол выломан, в стенах зияли пробоины, штукатурка снаружи и внутри полностью отсутствовала, кирпичная кладка рассыпалась. В похожем аварийном состоянии пребывали все постройки монастыря. С помощью начавшейся в эти годы реставрации удалось законсервировать Зачатьевский собор, восстановить внешний облик примыкающего к нему Никольского храма, братский корпус, фрагмент стены монастыря с Юго-восточной башней. И хотя из-за скудного государственного финансирования реставрационные работы велись крайне медленно, растягиваясь на долгие годы, они сохранили обитель от полного разрушения. Однако руками самих же реставраторов в 1967 году до основания была разрушена "как не имеющая исторической и культурной ценности" церковь преподобных Афанасия Афонского и Сергия Радонежского, находившаяся между Зачатьевским собором и Покровским храмом, где под спудом покоились святые мощи преподобного Афанасия Высоцкого Младшего. В настоящее время над местом погребения преподобного Афанасия выстроена часовенка и крыльцо Зачатьевского собора в древнерусском стиле. Ко времени передачи Высоцкого монастыря Русской Православной Церкви в 1991 году многие его храмы и строения находились в самом тяжелом, аварийном состоянии.