В 1591 году после набега крымского хана Казы-Гирея на южных окраинах государства вспыхнули первые зарницы крестьянской войны. Тогда, по словам летописца, многие полагали, что татар привел Борис Годунов, опасаясь негодования народа за убийство царевича Дмитрия, незадолго перед тем погибшего при весьма загадочных обстоятельствах в Угличе. В убийстве царевича, сына Ивана Грозного от Марии Нагой, народная молва винила самого правителя. Борис Годунов, стремясь сломить народное недовольство, подверг настоящему разгрому ряд южных городов.
До Серпухова не только доходили слухи об этих расправах, через него везли ссыльных и опальных. Cтрашный голод 1601-1603 гг., которому сопутствовали эпидемии, послужил новым толчком к обострению обстановке в обществе. Народные бедствия достигли невиданных размеров. По словам одного современника, "мертвых по улицам и дорогам собаки не проедали". Волна крестьянской войны поднялась "на украйнах" в 1604 - 1605 гг., когда в Росcию вторгся Лжедмитрий I.
Заручившись поддержкой польского короля, ряда магнатов и католической церкви, этот авантюрист во главе польских наемников и казаков предпринял поход в Россию. После перехода царской армии под Кромами на сторону самозванца его поход на Москву превратился в триумфальное шествие.
В Серпухове, как и ранее в Туле, Лжедмитрий I принимал виднейших бояр, прибывавших из Москвы с изъявлением покорности. Сюда же в Серпухов пришло известие о гибели Годуновых - царицы Марии Григорьевны и царевича Федора, умерщвленных по приказанию Лжедмитрия I. Вынесенный на московский престол волной крестьянской войны, Лжедмитрий I не оправдал, однако, народных надежд. Умело воспользовавшись недовольством москвичей хозяйничанием в столице поляков, прибывших в Москву с Мариной Мнишек на ее свадьбу с Лжедмитрием I, царя-авантюриста свергли бояре-заговорщики во главе с Василием Шуйским.
Воцарение Шуйского послужило толчком для нового восстания на юге. Серпухов, как и прежде, был местом расположения большого полка московских войск, развернутых вдоль реки Оки. В августе 1606 года, когда производился смотр сил, прикрывавших столицу с юга, сюда для усиления царских войск был послан стольник князь Ю. Д. Хворостинин. В 1607 году в Серпухов прибыл царь Василий Шуйский и пробыл здесь более месяца. Он почтил своим вниманием соседний Владычный монастырь, устроив в нем придел во имя новоявленного угодника царевича Димитрия, пожертвовав икону святого царевича.
Серпухов стал ареной трагических событий и во времена другого самозванца Лжедмитрия II. Здесь в январе 1610 году расположился отряд польского пана Млоцкого. Бывшие с ним донские казаки под начальством Ю. Беззубцева, в прошлом соратника Болотникова, сговорившись с серпуховичами разгромили поляков. Остатки отряда Млоцкого вынуждены были отступить к Боровску. Поляки горели мщением и в феврале 1610 года после ухода Ю. Беззубцева тайно ночью ворвались в Серпухов. Польский современник рассказывает о страшном погроме, учиненном интервентами в Серпухове: "Млоцкий овладел городом и сжег его совершенно. Сгорело множество людей и немало перебито из тех, которые уходили в крепость". В страшных перипетиях Смутного времени Серпухов почти полностью обезлюдел.
Государство находилось в полном разорении. Русский народ впал как бы в некое духовное оцепенение, не зная, кому верить и на кого надеяться. В это время именно Церковь смогла пробудить православное сознание нации, собрать воедино расколовшееся русское общество. Патриарх Иов безбоязненно обличил Лжедмитрия I, предав его анафеме. В июле 1606 года избранный в Москве новый Патриарх Гермоген также явил пример истинной преданности долгу "духовного отца народа". Когда в Москве начался голод, Патриарх повелел открыть для бедняков все монастырские хлебные житницы. Одна из наиболее героических страниц в истории Смуты связана с воинским иноческим подвигом. По благословению Патриарха Гермогена Троице-Сергиев монастырь отказался открыть свои врата иноземным захватчикам и выдержал (с сентября 1608 по январь 1610) жестокую осаду со стороны поляков, литовцев и русских предателей - "тушинцев".
Высоцкий монастырь, претерпев все бедствия Отечества в страдные годы междуцарствия, дождался своего счастливого времени, начало которому положило восшествие в 1613 году на престол юного царя Михаила Федоровича Романова.
В то время, по словам российского историка С.М. Соловьева, "монастыри жаловались на разорение от литовских людей, просили льгот, старых и новых". В этом нуждался и Высоцкий монастырь, так как в 1614 году, вероятно, по просьбе архимандрита Иосифа с братией, монастырь получил подтвердительную грамоту на прежнюю. Но льготы и права, даваемые этой грамотой, оказались недостаточными, и в 1621 году, по просьбе архимандрита Ионы с братией, монастырь получает от государя новую отдельную грамоту. В этой грамоте полнее излагались все льготы и права, данные монастырю грамотой 1542 года, и в которой вновь воспрещалась рубка леса в его рощах и добывание руды на монастырской земле без его ведома.
По воцарении государя Алексея Михайловича, крымские татары вторглись было снова в московские земли, но были прогнаны в свои земли. Это вызвало со стороны царя некоторые приготовления к обороне, вследствие чего в 1647 году Высоцкий монастырь получил царскую грамоту, в которой повелевалось монашествующим и монастырским крестьянам во время неприятельских нашествий не быть в городской крепости в осаде, а быть в своем монастыре. Грамота дана была в город Серпухов по челобитью архимандрита Пафнутия с братией. В этой грамоте указывалось также, чтобы "впредь им (архимандриту с братией) около Высоцкаго монастыря исподволь сделати ограду каменную своими вотчинами, и осаду укрепить как в приход воинских людей в Высоцком монастыре быти безстрашно и надежно". Но, несмотря на царскую грамоту, ограда эта, вероятно, за неимением средств, не была выстроена, так как в 1664 году государь жалует монастырю весьма значительную для того времени сумму 1000 рублей на монастырскую ограду. Эта жертва царя и укрепление монастыря стенами может служить лучшим доказательством того, что Высоцкий монастырь по своему положению не переставал еще и в то время считаться важным в стратегическом отношении пунктом "на берегу".
Построенные крепостные стены Высоцкой обители представляли собой четырехугольник, несколько сжатый с юго-востока и северо-запада. По углам - башни, а в середине северного прясла стены - прямоугольная полубашня. Длина каждого из прясел между башнями была различной: восточного - 140 м, южного - 102 м, западного - 102 м, северного - 130 м, а вместе с башнями длина стен составляла 510 м. Стены были довольно мощным оборонительным сооружением, рассчитанным на использование крепостной артиллерии. Они имели три яруса боя: подошвенный, средний и верхний. Со стороны монастырского двора стены ритмично расчленены боевыми нишами - печурами с глубокими амбразурами. Боевой вход второго и верхнего ярусов боя был покрыт тесом. С внешней стороны стены выглядят довольно строго с крошечными боевыми отверстиями, деленые по горизонтали двумя поясками, один из которых с арочками над боевыми отверстиями. Завершались стены нависающими в профиле машикулями. Эти крепостные сооружения были способны выдерживать серьезную осаду.
Угловые башни многоугольной формы сложены, как и стены в нижней части, из белого камня с кирпичной отмосткой в подошве, в верхней из большемерного кирпича. Северо-западная башня, стоявшая на сыром, сочащемся родниками склоне была сложена из белого камня на половину высоты. Башням как важнейшим в деле обороны элементам уделялось особое внимание. Они построены значительно выступающими за плоскость стен, что позволяло вести фланговую стрельбу и затрудняло приближение противника к стенам на близкое расстояние. Многогранные изнутри, башни имели три яруса боя, завершались двойными зубцами над машикулями. С внешней стороны они были орнаментированы поясками из профилированного кирпича. Из башен осуществлялся подъем на стены. В XVII веке три башни и полубашня имели шатровые деревянные покрытия, а четвертая - юго-западная - смотрильню, позволявшую вести наблюдение за долиной реки Нары, за Владычным монастырем и серпуховской крепостью. Северо-западная башня, по данным биофизических исследований, имела подземный ход, ведущий к реке.
Главные ворота монастыря находились в западном прясле стены. Над ними в XVII в. была построена каменная трехшатровая церковь с колокольней. В восточном и южном пряслах были устроены калитки для прохода, закрывавшиеся металлическими коваными дверьми. Монастырский арсенал состоял из пушек и ручных пищалей, которые иногда попадали в монастырь в качестве вкладов. В XVII-XVIII вв. в башнях монастыря содержались колодники - государственные преступники, участники восстания Степана Разина, стрелецких восстаний конца ХVII века и др. До нас дошло мало сведений о том, что совершалось в Высоцком монастыре в царствовании царя Алексея Михайловича. Во Вкладной книге упоминается только, что в 1655 году было моровое поветрие, от которого умерло нисколько старцев. Оставшиеся после них деньги частью положены были в монастырскую казну, на помин их душ, а частью розданы с этой целью по церквам. Перечислены и имена умерших. Царь Федор Алексеевич в 1677 году также дал Высоцкому монастырю подтвердительную грамоту на жалованную его дедом.
